台灣大部分重視研發創新、專利申請維護的大專院校，不管是國立還是私立大學，大都設有智財權管理中心、技轉中心、產學合作處、育成中心…….等等。雖然名稱有異，但這些單位的任務都是相同的，均集中在學校產出的智權之管理、技轉、出售及產學合作等等商品化之工作。雖然這些智財管理單位都是大學組織的一部分，但對國立大學而言，並不屬於校務體制內的編制單位；也就是說，這些單位的員工不管是約聘或是合約制，都不具公教人員身份，當然也不享有公教人員優渥的福利。

這看起來問題並不嚴重，因為一般民營機構也是有約聘及合約制員工，這些員工的薪津福利可能跟正式員工不盡相同，但大致上也相去不遠；最重要的是，大部分民營企業對約聘員工也會採績效制，如果績效表現良好，獎金分紅是絕對不會手軟的，但在國立大學中的約聘單位卻並不是如此。

國立大學最大的問題是官僚的管理制度。首先以薪資制度為例，約聘人員除了固定底薪外，獎金分紅並不普遍，因為像智財收入、技轉金或是授權金的部分，除了發明人可以按照法令獲得固定的比例外，其他都必須轉為校務資金，當然校方也可以撥一部分給技轉中心相關人員作為獎金，但礙於法令，金額非常有限，無法像郭董或是張董般大方分紅，因為技轉收入成績亮眼而阿沙力的犒賞員工。一些來自民間企業的高階經理人剛開始對於這種無獎金或是微薄獎金的制度都很不習慣。

另外一個比較鮮為人知的就是薪資發放的問題。一般人以為跟政府作生意收款是絕對不用煩惱的，其實這只是對了一半：錢是絕對收得到沒有問題，但公家機構因為請款手續複雜，所以收到錢的時間也是相對的漫長。影響之下，有些綁專案的約聘人員，必須待專案的錢核發下來才能順利領到薪水，有時候數個月沒支薪也不足為奇。既要馬兒好，又要馬兒不吃草，單就以上2點制度面的問題如果無法改善，要留住業界專業人才簡直是不可能的任務，只有一般的基層員工比較有久任的可能。

更離譜的是一些國家單位的案子，限時一年結案且必須要綁4個獲證專利，在這樣情形下，要申請發明專利是不可能的，為了結案，只能申請新型或是設計專利；此外，這些國家單位在專案進行時只會付幾萬塊的頭期款，其他都必須由大學負責的智財單位代墊，要獲證後再發放尾款，對於承辦單位來說是很大的負擔。

最後一個難題則是來自政府法令的限制。因為國立大學的專利申請必須依據政府採購法令規定進行，簡單來講有2個重點：採最低價格標及超過新台幣10萬元就必須公開招標。就採最低價格標的部分，一般行內人都知道專利品質的好壞可以說是有天壤之別；像很多的大陸專利事務及國內一些小型事務所，為了搶生意可以將價格壓到很低很低，但一分錢一分貨，這些事務所會花多少時間在這些以低價搶回來的案子上，可想而知；品質能有多好？實在不需要期待。現在規定是超過新台幣10萬元就必須公開招標，那除了大陸案及台灣案之外，幾乎所有國外的案子都一定超過新台幣10萬元，都必須以最低價格標的準則來採購。如此一來，對於必須委託國外律師或是事務所進行訴訟、技轉、或是授權時，都會造成很大的困擾。因為很多時候不管是訴訟、技轉、或是授權業務，受委託的律師或是事務所都是以賠償金額或是技轉金額抽成的方式來提供服務的，並不適合以最低價格標方式處理，承辦人員必須花很大的精力去尋找既合意又符合法令規範的業者來配合，費時又失事。

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