273期
2020 年 11 月 25 日
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化學結構之專利檢索 - Ⅰ
喻韜/北美智權 專利工程研究員

專利申請案事前檢索的重要性已是老生常談,然而專利檢索有其侷限性,除去一般性關鍵字精確度、檢索工時與檢索強度的權衡等等障礙,特定技術領域的檢索也會出現不同的疑難雜症,化學領域即為一適例。首先,化學物質的表示至少有IUPAC命名以及化學式兩種,前者雖可利用文字描述化學物質,但其使用與解讀卻異常繁雜,導致各國專利行政上傾向以化學式作為專利文件記載化學物質的標準。然而,不論化學式的類型,其在專利文件中均以圖形的方式存在,一般官方提供的檢索系統無法針對這些化學式圖形進行檢索。商業資料庫囿於各種收費機制,則使得從業人員難以長時間透過實作來熟悉資料庫運作的方式、鍛鍊檢索的技巧。


圖片來源 : shutterstock、達志影像

● 1. PATENTSCOPE

早在2016年,世界智慧財產權組織(WIPO)就已經在原有的PATENTSCOPE下推出了專門針對化學領域的免費檢索工具,然而在當時僅能進行整體結構精準比對,由於對官能基的修飾與替換經常被認為是本技術領域中具有一般知識者之能力所及,因此,當時這項功能立意雖美,用處卻有限。當時這套工具最實用的功能在於,號稱能夠對同一化學物質,以多種不同的命名方式來進行檢索。


圖片來源:https://www.wipo.int/patentscope/zh/news/pctdb/2016/news_0008.html

WIPO於2019年9月對這項服務推出了更新版本,該版本改變了原先的檢索方式,允許將輸入的結構定義為部分結構 (亞結構),而檢索出包含出該部分結構的化學物質。這個功能上的改進消除了前一版本最大的遺憾,使得檢索類似結構變為可行。本文接下來將簡單介紹此服務的使用方式,並對此服務進行簡單的實測。


圖片來源:https://www.wipo.int/portal/zh/news/2019/article_0032.html

● 2. 以文字進行檢索

進入PATENTSCOPE之後,點選「檢索▼」以顯示下拉式選單,即可見到「化合物」這個選項。

點選後,系統將會切換到化合物檢索的專屬畫面。

當游標停在「檢索類型」的下拉式選單時,會跳出註解標籤,以簡略呈現不同檢索類型的釋例。

進入檢索類型的下拉式選單後則出現四種可選類型,以「化合物名稱」進行檢索時,可以接受的關鍵字類型較多,一般的俗稱、商品名稱、CAS[1]名稱以及IUPAC名稱[2];INN則是世界衛生組織給每種藥品的一個官方的非專利性名稱;InChI為國際化合物標識,是由國際純粹與應用化學聯合會和國家標準技術研究所聯合制定的,用來標識化合物IUPAC名稱的字符串;SMILES代表簡化分子線性輸入規範,是一種用ASCII字符串明確描述分子結構的規範。各種名稱的詳細內涵並非本文重點,暫且不表。

本文先以阿托品為例以說明該界面的操作。選定檢索類型後,輸入化合物名稱(上圖中1.);「檢索骨架」這個選項的註解標籤說明是「檢索限定在化合物的一個固定部分,不包含立體化學與質子位置等訊息」(上圖中2.),而官方說明僅有指出檢索將根據化合物的原子種類及其連接方式,如此說來,勾選此選項理當使得檢索結果擴大,因為只要與關鍵字化合物具有相同的原子種類及其連接方式,即便另外連接其他官能基團,都會被認為是與關鍵字化合物相符;利用下拉式選單則可以選擇查詢的專利資料庫 (上圖中3.);另外在這個階段,檢索者就可先選擇「在編輯器中顯示」(上圖中4.),系統將呈現關鍵字化合物的結構,檢索者利用這個功能可以預先確認關鍵字是否發生錯誤(如下圖) (尤其是以IUPAC名稱、InChI或SMILES進行檢索時,因為這種系統化的科學命名方式雖然準確,但相對複雜);最後就是按下「精確結構檢索」,讓系統呈現結果,但如果伴隨勾選「檢索骨架」,呈現的結果將會是「假性」精確結構檢索。

● 3. 實測文字檢索

筆者以三種複雜程度不同的簡單化合物為例,實測對同一化學物質,以多種不同的命名方式來進行檢索是否可以得到相近或一致的結果。下表中每一名稱後的大括號中的藍色數字是檢索時「沒有勾選檢索骨架」,綠色數字則是「勾選了檢索骨架」;其中數字代表檢索結果在一頁呈現10筆資料時的頁面數。各化合物名稱主要來自中/英文版本的維基百科。

化合物

乙酸乙酯

乙醯胺酚

阿托品

結構式

檢索

關鍵字

化合物名稱

一般名稱

乙酸乙酯 {4490/4491}

Acetic ester{4490/4491}

Acetic ether {4490/4491}

Ethyl ester of acetic acid {0/0}

乙醯胺酚 {0/0}

对乙酰氨基酚 {8020/8020}

對乙酰氨基酚 {8020/8020}

對乙醯氨基酚 {8020/8020}

對乙醯胺酚 {0/0}

Paracetamol {8020/8020}

Acetaminophen {8020/8020}

阿托品 {2808/3319}

Atropine {2808/3319}

商品名稱

None

普拿疼 {0/0}

必理通 {0/0}

泰诺 {0/0}

Tylenol {8020/8020}

Panadol {8020/8020}

Atropen {0/0}

CAS名稱

Acetic acid ethyl ester {4490/4491}

Acetamide, N-(4-hydroxyphenyl)- {8020/8020}

Benzeneacetic acid, α-(hydroxymethyl)- (3-endo)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]oct-3-yl ester {0/0}

IUPAC名稱

Ethyl acetate {4490/4491}

Ethyl ethanoate {4490/4491}

N-(4-hydroxyphenyl)acetamide {8020/8020}

(RS)-(8-Methyl-8-azabicyclo[3.2.1]oct-3-yl) 3-hydroxy-2-phenylpropanoate {2/3319}

INN

None

Paracetamol {8020/8020}

Atropine {2808/3319}

InChI

1S/C4H8O2/c1-3-6-4(2)5/h3H2,1-2H3 {4490/4491}

1S/C8H9NO2/c1-6(10)9-7-2-4-8(11)5-3-7/h2-5,11H,1H3,(H,9,10) {8020/8020}

1S/C17H23NO3/c1-18-13-7-8-14(18)10-15(9-13)21-17(20)16(11-19)12-5-3-2-4-6-12/h2-6,13-16,19H,7-11H2,1H3/t13-,14+,15+,16? {2808/3319}

SMILES

O=C(OCC)C {4490/4491}

CC(=O)Nc1ccc(O)cc1 {8020/8020}

CN3[C@H]1CC[C@@H]3C[C@@H](C1)OC(=O)C(CO)c2ccccc2 {2808/3319}

※ 檢索日期:2020/11/11

● 4. 結論

本次實測在乙酸乙酯方面有兩點值得注意,首先,Ethyl ester of acetic acid這種雖然查得到,但太少使用的名字不適合作為關鍵字,PATENTSCOPE並沒有那麼強大;再者是否勾選「檢索骨架」,其結果差異不大。

在乙醯胺酚方面,以我國習用的名稱進行檢索將會沒有結果,以中國習用的名稱進行檢索才能檢索得到,進一步測試發現,這樣的差異並不是繁簡差異造成的,分別比對「對乙氨基酚」與「對乙氨基酚」(官能基部分同字但繁簡不同);以及「乙酰氨基酚」與「乙酰氨基酚」(兩官能基相對位置之定義詞同字但繁簡不同),都會得到一致的結果。而是該系統只能認得同一官能基的某些名稱,例如「對乙醯氨基酚」與「對乙醯酚」的結果就截然不同。在商品名稱測試結果則發現,系統僅能對英文商品名稱有所反應,但阿托品的英文商品名稱依然無檢索結果。

在阿托品方面的測試結果則有趣得多,是否勾選「檢索骨架」相差近500頁 (5000筆) 結果,在反覆檢驗之後發現阿托品的官能基修飾而成的化合物較多 (見下方比較圖),相較於乙醯胺酚、乙酸乙酯的檢索結果,可以合理的推測所謂「檢索骨架」並非以關鍵字化合物的骨架去代入 (fit in) 資料庫中各結構的骨架,若可以帶入較大化合物之一部分,則呈現該筆結果;反而比較像是以關鍵字化合物的骨架,查找官能基修飾而成的化合物,背後的演算、比對原理並非重點,但檢索者應對這種現象有所預期以提升檢索的準確性。

另外,商品名稱、CAS名稱、IUPAC名稱都無法呈現穩定的檢索結果,反而是一般英文名稱結果較為穩定,相較之下InChI、SMILES也可以呈現一致的結果,因此,對於新合成出的化合物,建議將其名稱轉換InChI或SMILES,再進行檢索。

關於以結構式進行檢索的實測將會在後續文件為讀者呈現。

 

備註:

 

作者: 喻韜
現任: 北美智權專利工程部專利工程研究組研究員
經歷: 台灣知名法律事務所專利工程師
學歷: 東吳法碩乙法律專業組碩士
台科大專利所碩士、清華大學生資所碩士
北科大電子系學士、東華大學生科系學士
專長: 專利申請 (佈局、撰稿、答辯);
歐盟、美國、中國、台灣專利法規及相關判例研究;
台灣專利 舉發及訴訟

 

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