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本案是由 Sharon Prost 法官草擬判決書，不過 William Bryson 、 Randall Rader 兩位法官也分別提出協同意見書、不同意見書，附列於主文之後。其中， Rader 法官認為〈新法〉大幅改變美國《專利法》（35 USC）賦予發明人的權利，已屬越權實體修法，與另兩位法官的多數意見明顯有別。
不過 CAFC 三位法官雖然有了初步結論，卻也有許多待解決的爭點留予地院重新考慮。此外， USPTO 新管理團隊的態度也相當關鍵，若新任 USPTO 局長延續前朝的修法立場，本案最終判決結果如何？〈新法〉會否生效？只怕不是短時間內能有答案。畢竟，本案下一步可能是再由地院接手審理，但也有可能要求 CAFC 聯席審理（en banc rehearing），不論循哪一條路徑繼續纏訟，都還需要等上相當時日才有下一份判決。
總的來說，這件訴訟案爭議極大，參與論戰的個人團體多不勝數，連 CAFC 三位承審法官都各有意見抒發。但重要的是，這起訴訟牽連更大，若不是地院擋下〈新法〉，單方訴願（ex parte appeal）程序新法或許早已順利生效，最後的訴訟結果非但關乎〈新法〉可否解禁實施，也攸關 USPTO 修法權限，直接影響 IDS 、馬庫西式（Markush）請求項等相關修法的未來。
歸根究柢，USPTO 之所以提出〈新法〉，無非是為解決積案問題，而積案問題並非 USPTO 所獨有。歐洲專利局（EPO）去年開始分二階段大幅調高超項費，今年又決議修法新增分割案申請限制，目的其實與 USPTO 的〈新法〉大同小異。美歐兩大專利局各自的解決途徑能否奏效、其他專利局是否起而效法，或許也是另一個觀察面向。
（一） USPTO 修法權限僅及程序法規？
討論 Chevron Deference 原則，首先應檢驗 USPTO 的法條詮釋有無國會授權依據（即俗稱的 Chevron "step zero"）。若確屬美國國會授權範疇，且 USPTO 合理詮釋相關法條，法院自應依循 Chevron Deference 原則予以尊重；反之，若非國會授權範圍，自不適用 Chevron Deference 原則。
過去判例已多次澄清，美國國會無意，也從未賦予 USPTO 實體修法權限，因此〈新法〉屬實體（substantive）或程序（procedural）修法的問題，非如 USPTO 所說的無關緊要。且政府機關自行劃定權限範圍，也不適用 Chevron Deference 原則。
故結論為，依據 35 USC 2(b)(2) ， USPTO 無權實體修法，但有權公告程序法規。
（二）〈新法〉是否屬 USPTO 有權公告之程序修法？
實體法規一定會影響個人權利義務，但程序法規也多會影響個人權利義務，因此不能光憑這點判定其為實體或程序法規。檢視過去判例，此一標準（即是否影響個人權利義務）雖也曾用以衡量 USPTO 修法所屬類別，但卻是用此標準區分實體性質及詮釋性質（interpretive）法規。
反而 JEM Broad. Co. v. FCC, 22 F .3d 320, 326 (D.C. Cir. 1994) 一案的衡量標準值得參考。該案法官裁定，儘管美國聯邦通訊委員會（FCC）修法結果可能導致申請人實體權利損失，但既未排除申請人實質申請機會（foreclose effective opportunity to make one's case on the merits），理應劃歸為程序修法。換言之，程序法規有一重要特徵：程序法規或許會改變相關當事人向官方呈報或陳述的方式，但其權利或權益不因而改變。
〈新法〉第 78 及 114 條條文（Final Rules 78 and 114）影響的是延續案及請求延續審查（RCE）申請時間，而前述判例已明確指出，時間相關法規應歸屬為程序性質。況且，要求申請人在第二件延續案或第一次 RCE 及時提交相關修正、答辯、證據，相信不至於造成過大負擔，也不會實質剝奪申請人取得專利權的機會。 USPTO 〈新法〉公告中，針對多種假設情況回覆「可能」或「不可能」接受超額延續案或 RCE 申請，但實際上 USPTO 及法院是否准予超額申請，並不受這些回覆內容的約束，若申請人不滿 USPTO 的處分，還可以利用法院系統尋求救濟。
〈新法〉第 75 及 265 條條文（Final Rules 75 and 265）規定，若申請案獨立項項數超過 5 項或總項數超過 25 項，申請人需提審查支援文件（ESD），若符合規定， USPTO 即應續行審查，且不得以 ESD 不足以佐證可專利性為由拒予專利，也就是申請人多了舉證責任（burden of production），但審查委員仍需擔負說服責任（burden of persuasion）。另方面， USPTO 可依 37 CFR （美國《專利法施行細則》） 1.56 、 1.105 條文要求提交相關資料，雖然這兩條規定只限於提交現成資料，不同於〈新法〉有進一步要求，但只要這些額外負擔未實質剝奪申請人的合法申請機會，程序法規不會因此轉變為實體法規。況且，假使 USPTO 濫用處分權限，申請人也可以利用法院系統尋求救濟。
此外，多位法院之友（amici）表示，即使 ESD 準備得鉅細靡遺，最後還是可能面對不正行為（inequitable conduct）的指控，而且提出 ESD 勢必會因禁反言（estoppel）原則限縮了專利範圍，進而減損專利權價值。當然，準備 ESD 難免有錯，但法院才有資格判定是否涉及不正行為，目前尚無可依循的判例，不能因臆測未來法院可能拿捏失當，逕行否定 USPTO 的修法權限；再則，部分申請人為提高訴訟勝算，申請過程盡可能避免留下文字記錄，可是依 35 USC 112 規定，申請人應如實描述其發明並明白定義其發明範圍，保持沉默既不是申請人本有的權利，就不該以此為由推翻〈新法〉。
由此推論，〈新法〉規範的是申請案提交時間點及所附內容，或許會改變申請人向 USPTO 呈報或陳述的方式，但形式上並未排除申請人實質申請機會。簡言之，〈新法〉屬程序修法。
（三）〈新法〉是否牴觸美國《專利法》？
〈新法〉雖通過 Chevron "step zero"測試，但要完全適用 Chevron Deference 原則，需再檢視相關法條是否有條文語義模糊、國會立法時未明確規範的情況，若國會立法意圖明確， USPTO 及法院體系皆應尊重國會立法宗旨。
以此為基準，〈新法〉第 78 條條文顯然牴觸了美國《專利法》。35 USC 120 條文明確規定：凡滿足條文中 4 項要件的申請案，其效果應（shall）視為已與先申請案同日申請。使用「應」字，表示 4 項要求實為充分要件，除了這四項要件， USPTO 不得再另設門檻。是故，〈新法〉第 78 條條文無效。
如同多位法院之友所說，In re Henriksen, 399 F .2d 253, 254 (CCPA 1968) 一案承認 35 USC 120 確有模糊空間，但〈新法〉第 78 條條文試圖規範延續案的總數，而非一代一代接續申請的連結長度（length of a chain of serial continuation applications），即使強作解釋，亦無從解套。而 USPTO 引用的 In re Bogese, 303 F .3d 1362 (Fed. Cir. 2002) 一案，申請人雖被判定無法依 35 USC 120 主張先申請案優先權，但畢竟是非常極端而嚴重的特例（申請人 8 年連請 12 件延續案，從不答辯修正），而〈新法〉第 78 條條文卻會波及諸多無此情事的申請案，因此也不適合沿用 In re Bogese 一案的判例原則。
〈新法〉第 114 條條文在地院被判無效，理由是 35 USC 132(b) 未以申請案家族限制 RCE 總數，申請人有權在任一申請案提出無限多次的 RCE 。但實際上，該條條文並未載明需以一申請案為計算基準，也未規定 USPTO 受理無限多次的 RCE，因此應尊重 USPTO 的合理詮釋。
被上訴人另外主張，依 35 USC 132(a) 規定，若申請人堅持請求核發專利， USPTO 必須繼續予以審查。但 USPTO 反駁，指該局依 35 USC 131 審查申請案後，申請人可依 35 USC 132(a) 要求「再次」審查，「再次」審查結束後，才能適用 35 USC 132(b) 的「繼續」審查規定，因此 35 USC 132(a) 也未規定 USPTO 受理無限多次的 RCE 。關於這點， 35 USC 132 條文其實未區分「繼續」與「再次」審查，但因 USPTO 的解釋合理，應予尊重。
〈新法〉第 75 及 265 條條文在地院被判無效，理由包括： 35 USC 112 第 2 段條文及過去判例皆明白宣告， USPTO 不得任意限制一申請案的請求項項數。且數件牽涉不正行為的判例皆有一致結論，即申請人無先前技術（prior art）檢索義務。以及新法將審查委員的負擔不當轉嫁予申請人，有違 35 USC 102 、 131 規定及過去判例原則。
然而，〈新法〉既未實質剝奪申請人成功提交 ESD 的機會，就不能推論〈新法〉限制了一申請案的請求項項數，更無法得出牴觸 35 USC 112 第 2 段條文的結論。過去判例也已確立，在合理範圍內， USPTO 有權要求申請人提交審查必要資訊，準備 ESD 雖然會增加額外作業，但無合理理由禁止 USPTO 如此修法。而且審查委員仍需依 35 USC 102 、131 審查申請案， ESD 並未轉嫁此一負擔，也未改變審查標準。
（四）結論
〈新法〉第 75 、78 、114 、265 條條文皆為程序法規， USPTO 未逾越修法權限，但〈新法〉第 78 條條文牴觸 35 USC 120 ，應判無效。故維持地院有關〈新法〉第 78 條條文無效之原判，駁回有關〈新法〉第 75 、114 、265 條條文的簡易判決（Summary Judgment），並將以下爭點發還地院更審：在字面上或套用於某些情況時，〈新法〉是否會產生專斷恣意（arbitrary and capricious）的問題？〈新法〉是否有其他牴觸美國《專利法》之處，但本判決書未加以探討？ USPTO 修法應否都依 5 USC 553 規定公告廣徵公眾意見（notice and comment requirement）？〈新法〉是否有不當模糊之處？〈新法〉是否有不當回溯適用的問題？
應無必要特地分辨〈新法〉屬實體、詮釋或程序性質法規，但贊同 Prost 法官看法： USPTO 有權依 35 USC 2(b) 發布〈新法〉，其中，〈新法〉第 78 條因牴觸 35 USC 120 而無效。
然而可以一提的是， 40 年來， 35 USC 120 一直被解釋為可一代接一代申請無數件延續案（serial continuance），但如 In re Henriksen 一案指出，這條條文若解釋為最多只能再申請兩代延續案，其實亦無不妥，因此若〈新法〉第 78 條朝此方向修正，未必會因牴觸 35 USC 120 而無效。
本案無需區分法規為詮釋性質或程序性質修法，因為二者皆非實體法規。如 Chrysler Corp. v. Brown, 441 U.S. 281, 302 (1979) 一案指出，美國《行政程序法》（Administrative Procedure Act ，簡稱 APA ， 5 U.S.C.）雖未直接定義何謂「實體」法規，但由 5 USC 553(b)(A) 條文反向推論，卻可得到「實體」法規的最佳定義：非詮釋性質法規，非政策一般陳述，也非主管機關組織、程序或作業相關法規。
判決書引用 JEM 案說法支持其論點，卻忽略同段落另一段文字：實體、程序之分實為程度差別，法院的工作是判斷其實體影響是否足以稱之為重大。過去 CAFC 的判斷方式，是檢驗新法相對於舊法或舊有政策的改變，而此次 USPTO 修法觸及個人權利義務範疇，與現行法規及專利政策有驚人差距。
依另兩位法官的判斷，意謂 USPTO 修法永遠無需公告徵集公眾意見，因為 USPTO 只能公告程序法規，而依 5 USC 553(b)(A) 規定，程序法規可不用預先公告徵求公眾意見。然而〈新法〉在 2007 年 8 月 21 日 正式公告之前， USPTO 還是在 2006 年 1 月 3 日 公告了修法提案，並公開徵求公眾意見，換言之， USPTO 亦認為此次修法影響層面較廣，亟需公眾參與修法討論，可暫不考慮行政效能及成本，所以才未逕行宣布修法。
延續案、 RCE 申請本為當然權利，〈新法〉卻新增請願及證明（petition and showing）規定，影響重大，已足以稱之為實體法規。且國會立法、過去判例都未限定請求項項數，此一要求不僅可能妨害複雜發明的專利範圍申請自由，也有損公眾知的權益，若〈新法〉非實體修法，規定一申請案只能以 5 頁呈現，不也只是程序修法。而新增 ESD 規定，挑戰 CAFC 過去昭示的申請人無檢索義務原則，為申請人帶來沉重負擔，且轉移了證明可專利性的責任，又有不正行為風險，直接牴觸 35 USC 102 、131 條文。
凡此種種，皆說明〈新法〉嚴重背離現行法規政策，大幅度改變了舊有法規及發明人依美國《專利法》原應享有的權利、擔負的義務。因此結論與地院原判相同：〈新法〉為實體法規，超出 USPTO 修法權限。
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