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已生效的新法中，PCT国际申请费调降5%，由1400瑞郎减为1330瑞郎，申请人可省下70瑞郎（约合新台币2000元）的规费。若申请人为自然人，且国籍、居住地为国民平均年所得低于3000美元的国家，或国籍、居住地为新加坡、安地卡、巴林等9国，其国际申请费及手续费减免幅度由75%提高到90%。
此外，若PCT申请案曾有相关先申请案接受过官方检索，申请人可请求PCT申请案的国际检索单位（ISA）考虑其检索结果，而受理的ISA也可视情况要求申请人提供先申请案复本及译文、其检索结果译文及引用文献复本。假使两个检索单位不同，PCT申请案的ISA「可」考虑先申请案的检索结果，但如果先申请案的检索单位正是负责此一PCT申请案的ISA，依规定PCT申请案的ISA「须」考虑先申请案的检索结果。若先申请案检索结果的确对PCT申请案的检索作业有所助益，申请人可获退部分检索费。
其次，2007年《PCT细则》新增Rule 26bis.3条文（Restoration of Right of Priority by Receiving Office），万一PCT申请案未能于12个月的优先权主张期限内送件，只要申请日与优先权主张期限日相距不超过2个月，仍有机会缴费挽救，进入国家阶段后，或许还有部分国家愿意承认其优先权主张效力。而此次修法进一步规定，若申请人未于期限内缴纳补救规费，PCT申请案受理局有权把缴费期限延长两个月。
而《PCT细则》亦新增Rule 29.1(v)条文，内容说明：即使受理局已公告一PCT申请案视为撤回，除非负责国际公开作业的国际局（IB）在完成准备前接到正式通知，否则此一PCT申请案仍将按预定时间公开。
针对线上申请作业可能因转档（例如由Word档转为XML或PDF档）造成送件内容错误的问题，此次修订《行政规程》（Administrative Instructions）第706条，授权受理局自由决定是否开放申请人并送转档前格式（pre-conversion format）文件。若有受理局开放此一作法，且申请人线上送件时同时附上转档前格式文件，则日后申请人发现转档错误，可于最早优先权日起算30个月内请求受理局更正。
最后，PCT请求书（Request）及要求书（Demand）新增电子邮件授权字段，申请人可勾选并填入电子邮件地址，则PCT国际阶段各局可视其状况决定是否先以电子邮件通知申请人。不过电子邮件只是函知预送本（advance copy），各局仍会发出纸本通知，并视纸本函知文档为正式法律文档，以纸本文档发文日为基准计算各个期限日。
《PCT细则》还有部分新规定将于2009年1月1日生效，PCT申请案国际公开是其中一项受到影响的作业流程。
自2009年1月1日当日起，新申请的PCT申请案将新增适用韩文及葡萄牙文两种公开语文，也就是未来将有部分PCT申请案是以韩文或葡萄牙文公开。而且除了PCT申请案现今使用的公开文档分类码（kind code），未来还将新增3种公开文档分类码，即A4、A8、A9。
当前PCT申请案使用的公开文档分类码共有3种：A1表示PCT申请案与国际检索报告（ISR）一起公开；A2表示PCT申请案是在没有ISR的情况下公开；A3表示ISR另行单独公开。
未来若请求项经修正或申请人依PCT第19条条文提出声明，将另外归类为A4公开文档。为变更首页着录事项所为之再公开，归属A8公开文档。为更正、更改、补充PCT申请案或ISR内容所做的再公开，则划归A9公开文档。这项变动，应有助公众分辨PCT国际阶段文档再公开的原因。
更重要的是，先前技术（prior art）数据库日趋庞杂、文献语文日益多元，检索难度与日俱增，此次修法将开放ISA提供补充国际检索（supplementary international search，简称SIS）服务。新法生效后，申请人除原指定的ISA之外，有权额外选择再一个ISA，甚至是更多个ISA协助检索。
当前PCT架构下共有13个合格的ISA，即奥地利、澳洲、加拿大、中国、西班牙、芬兰、日本、韩国、俄罗斯、瑞典、美国等国的专利局，外加EPO，以及丹麦、冰岛、挪威三国合组的北欧专利组织NPI。
奥地利、俄罗斯、瑞典专利局及NPI已同意自2009年1月1日起提供SIS服务。EPO和芬兰专利局需要一年的缓冲时间，预备2010年1月1日才开始受理SIS服务。
不过并不是所有ISA都已准备受理SIS申请。加拿大、日本、西班牙和美国专利局相继表示近期无意添加，澳洲、中国、韩国专利局则尚在考虑。
尽管如此，预料这项办法可帮助申请人在国际阶段取得更全面的先前技术检索结果，进而提高PCT国际阶段检索报告的参考价值。 |
