現行僅存「產業創新條例」
目前在臺灣，企業唯一可獲得研發及購置專利租稅抵減的律法，就只剩「產業創新條例」了。企業若想瞭解相關實務細節，應當向會計師事務所請教，而非找律師事務所解惑。因為法條內容明確沒有爭議，並無需要法律釋疑的必要。反而是實務上處理都是跟會計有關，法條部分只要照做就可以。若是要找其他國家是否也有類似租稅減免條例，就有必要找律師查詢相關法規。
不一定每個國家都有租稅抵減的律法，尤其是先進國家，往往鮮見這類的租稅抵減的律法。往往是開發型的國家，政府為了鼓勵創新以及研發，便會設計出類似的法規提供企業誘因。如美國或是日本這些國家的企業本身，不必經過政府的補助或者獎勵便會自行研發，而且這種法律實施會使政府少收稅。類似「產業創新條例」這種方法，是以租稅減免方式，鼓勵廠商做研發。
這類條例，對買賣業就沒有誘因以及減免的機會，對製造業有研發活動者，則可能會有用，但是有些製造業也並無研發。所以，並不是所有的企業都有機會獲得租稅減免。牽涉到專利、研發的企業公司，都有可能適用這個條例，但是現在以及未來要想依照條例申請，已變得越來越困難。因為，要能爭取補助也就是租稅減免，必須先將所有相關佐證資料項目，先送交工業局審核。若是工業局評定為符合原創性以及有創新性，才有可能獲的獎勵並且准予租稅減免。
研發支出當費用時，是當做課稅所得的減項，但是在申請研發抵減時，是一種額外拿來計算，看公司直接要少繳多少稅，所以兩者性質是不同的。這在經濟學的概念上，就是補貼。補貼由另一個角度來說，就是租的概念。我付租金給你，因為我覺得你不錯，有存在的價值，所以提供你支援讓你活著，就是類似租的概念。
查核方式
研發租稅減免核准的方式，並非一件一件地核准，而是必須將公司所有跟研發相關的專案，都列舉並集成規定的項目，一起提報給工業局審核，一年一審。企業每年有對外的財報與對內的稅報，列舉研發費用申報是以稅報。為免正式申請時認定產生爭議，申報前必須先呈報工業局，由工業局核定申報項目及大方向是否符合規定，若工業局核可，才得以繼續由稅報方式向國稅局申報。工業局審核公司呈報的產品專案，不管數位細節為何，若是方向是對的，工業局便會核可，公司也能因此將這些項目，以營利事業所得稅的項目向國稅局申報。
以前「促進產業升級條例」施行的時候，研發投資抵減的部分，因為減免租稅可達30％至50％，對業界而言誘因相當優厚，所以企業多半都會申請。但是，因為國稅局對此非常嚴格，幾乎是每案必查，尤其對中南部的企業。所以，有些公司也可能選擇不申報。有些企業所研發的產品，可能只是局部修改，並非是創新或是產品開發，但是企業若仍自行認定是研發，而放入稅報中申報減免時，就會產生頗大爭議，往往國稅局審核時是不會通過的。
請教過林松樹會計師，根據他多次到中南部授課及演講的經驗，北部企業大致一半以上都會申請，南部企業會申請的，多半僅限於公開上市發行的公司、帳務比較完整的，以及真正從事研發活動者。一般企業為了避免麻煩，則多半不申請。以上比例，在此只是籠統提出林會計師個人經驗約估，林會計師鄭重表示，這推估並非依照實際具公信力的統計方式精算出來的數字，南北企業申請租稅減免比例的差異，尚有待其他專業人士，以實證科學方式蒐證並驗證結果。
帳務如何處理？
企業在帳務處理上，若是準備申請RD投資抵減者，會計帳目會分得比較詳細。譬如「產業創新條例」中所列的八項，其下有子目，如：研究發展費用－薪資，研究發展費用－儀器折舊，研究人員的薪資以及研究所用儀器的折舊等，可以作為抵減。如果不申請研究發展支出抵減的公司，帳目上就不會細分出研究發展項目，研究發展人員的薪資以及儀器折舊等，可能就直接擺入管理部門的費用。
也有些公司，真地有購入專利（研發活動），鑒於想避免政府嚴格審查的麻煩，便也不申請租稅15%獎勵，但是帳目上也可能做得非常清楚，在會計帳上還是可以提列
借：各項攤提；貸：無形資產（研發產生費用，會計帳上提列：
借：折舊；貸：累計折舊）。
總而言之，一旦申請租稅15%獎勵，就不可能帳目含混，因為會不好提供資料給政府（國稅局）。而政府一接獲申請書，是一定會詳細清查，並且會要求八個項目清楚明列。所以，含混帳目只會讓政府嚴查或駁回，一般想申請研發抵減的公司，是不會將帳目含混以自找麻煩的。若是相關費用越大，則租稅減免的金額就越大。如鴻海或宏達電，研發部門很大，以前抵減最高可達50％，租稅減免會達到好多個億或更多，所以為了節稅，當然會詳列可抵稅專案，往往為了報年度研發支出的相關作證及帳目資料，常常是以幾卡車的資料運送至國稅局（北美智權財會部門同仁的經驗分享）。申請減免的公司，會計帳目上就必定會有研究發展費用，下面則有細目。一般為了表現有研究發展的公司，也是會列出研究發展項目的。
「產業創新條例」與之前的「促進產業條例」的五點不同：
- 細項嚴格：如RD部門使用的辦公室租金或是折舊，以前可以但是新法就無法抵減。與RD較無關的部份都不可以列入。
- 事先報工業局審核：也就是正式向國稅局提報申請之前，所有的研發計畫、研發日誌等紀錄與報告，都必須先經由工業局（中央目的事業主管機關）認定，確保申請方向及細項正確，才得以申請。
- 可抵減稅率降至15％（原本是30~50％），
- 抵減的應納稅額上限由50％降為30％（也就是可抵減稅額，上限也就是最高不可超過應繳總稅額的50％，現在已降為不可超過30％）
- 抵減年度由5年縮短為1年
專利在會計及稅法上的法源基礎
所得稅法、營利事業所得稅查核準則、及商業會計法對專利都有一定的規定。六法全書中所得稅法60條中有無形資產的估價、均以出價取得者為資產等規定，這些都可在會計帳目上設定為資產，然後按年攤銷，
請看條文內容：
營業權、商標權、著作權、專利權及各種特許權等，均限以出價取得者為資產。
前項無形資產之估價，以自其成本中按期扣除攤折額後之價額為準。
攤折額以其成本照下列攤折年數按年平均計算之，但在取得後，如因特定事故，不能按照規定年數攤折時，得提出理由申請該管稽征機關核准更正之：
一 營業權以十年為計算攤折之標準。
二 著作權以十五年為計算攤折之標準。
三 商標權、專利權及其它各種特許權等可依其取得後法定享有
研發及專利究竟應申請資產還是成本？
會計處理上，只有自行申請專利的費用，才可作為資產。譬如：申請美國專利的申請花費30萬、在歐盟申請專利花費50萬，這些才能編列為資產，以逐年攤提方式轉成費用。其他的支出，如一切研發相關產生的花費，一開始就都只能提列作為費用。會計上要做成資產專案者，一定要有未來的經濟效益。
實質上，研發支出及購置專利，一開始不論是列為資產還是費用，最終的結果並沒有差別。何以然？因為將購入的專利列為無形資產，或是自行申請專利時產生的花費，在總攤提年限結束時，原本會計帳面上提列的無形資產，也會因為攤折殆盡，最終被全部轉提成費用。所以即使一開始，因為專利研發產生的花費全額只能列為費用，與一開始因為是購入專利或是申請專利產生花費，而可被列為無形資產，兩者最終是殊途同歸的。因為，兩者最後，全都會轉成會計帳目上的費用，只是無形資產轉成費用的速度，是逐年攤提；而研發費用，則是一開始便總額一次就列為費用。
雖說，在成本會計上，最終的數額以及計算原理，並無差別；但是，對於某些必須面對股東以及投資人的企業，一開始將申請或者購置的專利的支出，列為無形資產，是比較能交代的。若是企業一次將所產生花費，以費用名目展現，對於一般的投資大眾，可能會產生一種心理層面的不安以及恐慌感。即使因為這項無形資產（專利）的花費，已經耗用了大量公司的資金，是否能因為此項資產的權利金，或是生產製造產生獲利，還在未定之天。但是，若是一旦列提為無形資產，至少在帳面上的提示，是明白表示出此項支出，仍是有一定可能獲利的可能的，因為這項支出是公司的"資產"。這也是諸多企業，即使已經為了購入新專利耗費了巨額的資金，當下也並無有因為新專利而定的生產計畫，或是專利佈局策略，還是常常傾向將新購入專利列為無形資產。這種帳面提列方式，不光是政府所訂定的合法會計原則；實質上，也較能符合一般投資人所能理解的邏輯思維。至少，無形資產這項目，就已將公司的營運活動做了明確的交代，也可減免投資人因不明狀況可能產生的恐慌。
無法資本化的研發支出
研發的支出是不能資本化的，因為在過程中，並不能保證100％會研發成功，研發支出未來的價值不確定，所以只能視為費用。在經濟學中，有一種觀念叫做sunk cost（沉沒成本），也就是指已經付出且不可收回的成本。因為已經付出且不可收回，所以也不能被改變，如同覆水難收，所以叫做沉沒成本。研發成本就是一種沉沒成本。研發就跟談戀愛類似，投入的一切時間、金錢、精力及情感，並不一定能保證熱戀中的兩人，最終會修成正果步入婚姻。兩人成婚之後，獲得證書，也頗像獲得專利許可一樣，也不能確定一定會生兒育女地久天長。
研發活動的目的，為的是增加企業的競爭力，並非是為了節省費用與稅。節省費用與租稅抵減只是獎勵創新的一個誘因。譬如HTC（宏達國際電子股份有限公司）為何要研發？若是只是為了省錢的話，以目前HTC股票價值，已達一千多元的高價，只要繼續代工就可以獲利，為何還要自創品牌以及研發創新？HTC所著眼的，是為了要能有自有品牌以及有競爭力，所以就不會因為是否有租稅減免作誘因，才決定研發與否。一般有同樣願景及思維的企業，往往也並不是租稅抵減的誘因才從事研發及購置專利的活動的。
研發支出資本化迷思破解
硬要將費用放在資產，其實只是將報表美化而已。如果真地有損失，本來就應當反映出來，若仍執意要將費用以資產名目出現，最後還是會每年以費用攤提，這只是早死跟晚死的差別，不過是拖著晚死罷了。例如：花100萬購買專利，分10年攤提，最終全部都還是會歸為費用。一開始列為資產，只是讓報表好看。反過來說，若是公司相當賺錢，將支出提列為資產時，則必須以10年才能將支出逐漸攤提為費用。一次全當做費用的話，當年便可以少繳大筆稅額。基於為了獲得立即減稅的好處，這類高獲利的公司，多半不會願意將申請或是購置專利的支出列成資產。
所以，列為資產或是成本與否，全有賴於企業著眼的角度為何。不論研發活動要資本化還是費用化，只要公司獲利良好，多半都偏向費用化。譬如：年賺五十億，當下要繳十億的稅，自然就會想要用更多的費用，將課稅所得總額降低，讓公司能少繳些稅。這時，若能選擇資本化或是費用化，公司決策當然會選擇全部費用化。但是如前所述，有些公司發展，仍是處於研發階段時，有著極大的虧損以及諸多不確定性，自然會想要將這些虧損隱藏到資本項目中，讓帳面看起來好看。出了一億購買了專利，費用花了如燒錢，又因為沒有營業收入，一開始因高額費用的多減稅效果，對經營者沒有當下實益，又可能使投資人不安，當然不願意將投入的資金費用化，而想以資產展現。但是，明明是賠錢的，卻將這些支出與費用藏在資產，這樣掩蓋資訊的行為，對投資者而言並不公平。表示企業經營者，往往是站在對自己有利的角度及始點上，作決策以及看事情，多半欠缺公允性。這類思維以及做法，能否積極地調整體質企業，以及提供投資者正確資訊，答案都是否定的。
抵減舉例
如果某企業原本應繳的營所稅是1,500萬，但是因為研發活動而支出了1000萬，其中可抵減比例是15％，可抵減稅額就是150萬元。因此，由於有研發活動而應繳的營所稅，就由應繳的1,500萬，降為1,350萬。若是前期營業活動有虧損，可以將此扣抵向後延遲扣抵。
舉例：
公司的課稅所得是2500萬，若是無研發支出，依照營所稅率17％，則必須繳稅425萬。若是公司的研發支出是500萬，原本營所稅的可課稅稅基2500萬，可減去500萬的費用，成為2000萬，所繳的稅則因此減為340萬。若是再將研發支出500萬申請"研究發展投資抵減"，也假設全額都獲得條例認定為研發支出，則500萬研發支出，可以乘以15％，則得到研究發展支出出可抵減稅額75萬。也就是，原本應繳的340萬營所稅，因為申請"研究發展投資抵減"獲得減免後，就只須繳265萬的稅了。也是就說，因為有研發支出，讓公司總共少繳的稅是160萬。
總結
所以"研究發展投資抵減"的好處，就是研發或者購置專利的支出除了視為費用，可當作營所稅的可課稅稅基的減項，使得稅基縮小而可以少繳稅外，還可以申請"研究發展投資抵減"獲得15%的減免金額，可當作應繳總稅款的減項，使得企業或是研發機構，因此獲得租稅減免，進而增加後續創新研發的誘因。
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