各申請人為協議時，專利專責機關應指定相當期間通知申請人申報協議結果，屆期未申報者，視為協議不成。
同一發明或創作分別申請發明專利及新型專利者，準用前三項規定。 」
且依據同法第 108 條規定準用 31 條，當同時有二個新型的專利申請案時，亦應依相同原則處理。
因此，同一發明，當有二個申請案抑或是一個申請案一個專利，不論是不同日或同日提出申請，不論是不同或同一申請人提出申請，均只能對最先申請准予專利，不得准予二個專利。
（一）同一申請人同日提出二個發明申請案的處理原則
發明專利係採請求審查制，故適用專利法第 31 條時，必須以發明申請案有請求實體審查為前題。所以，若未提出實質審查者，並不會發生適用第 31 條的情形。茲以所有申請案均已提出實質審查為基準點，分別敘述公告與否的處理原則：
1. 所有申請案均尚未公告
此時，若 所有申請案經過實質審查後，均無其他核駁理由得准予專利者，應就所有申請案通知申請人限期擇一申請；若有其他核駁理由，應發出審查意見函，除該核駁理由外，並應一併敘明該申請案與其他申請案為同一發明。於指定期限屆滿後，視相關申請案之補充、修正、撤回、申復等情況繼續審查。若申請人未擇一申請，且仍認定為同一發明時，應依專利法第 31 條第 2 項，核駁所有相關申請案。
2. 其中一申請案已經公告
此時， 若其他申請案並無其他核駁理由得准予專利者，應就所有相關申請案通知申請人限期擇一申請。於指定期限屆滿後，視相關申請案之補充、修正、撤回、申復等情況繼續審查。若申請人未擇一申請，且仍認定為同一發明時，應依專利法第 31 條第 2 項，依職權撤銷該已公告之專利案並核駁所有相關申請案。若申請人選擇該已公告之專利案，其他申請案應不予專利；若申請人未選擇該已公告之專利案，應依職權撤銷該專利案，始能核准另一申請案。」
（二）同一申請人同日提出一個發明、一個新型申請案的處理原則
依據同法第 4 項規定，準用同法前三項。所以，處理原則亦是相同於第一段。
（三）同一申請人同日提出二個新型申請案的處理原則
依據同法第 108 條準用第 31 條第 4 項後，再準用前 3 項規定。所以，處理原則亦是相同於第一段。
（一）實質審查為前提
依據審查基準 第二篇發明專利實體審查第三章專利要件 4.2 中文敘述「因發明專利係採請求審查制，故適用本條時，必須以發明申請案有請求實體審查為前題。」但於同基準的第四篇新型專利形式審查文件中，並未見到如此的敘述，且專利法第 108 條規定準用第 31 條。因此，若同一人同日提出二個新型專利申請案，而新型專利並未經過實質審查，如何適用 4.2 的「 … 有請求實質審查為前提。」要件？
（二）權利空窗
當專利權人取得專利時，即可於法定專利權期間內主張專利權。而在主張新型專利時，必須依據第 104 條規定，提示新型專利技術報告書進行警告。依據同法第 105 條第 1 項規定，若新型專利日後被撤銷者， 於撤銷前，對他人因行使新型專利權所致損害，應負賠償之責。另基於技術報告書主張權利而導致他人受損害者，依據同法第 105 條第 2 項規定， 推定為無過失。
所以，當二個案件分別為發明申請案與新型專利，發明專利申請案在取得專利權前，新型專利權因他人舉發被撤銷而自始不存在專利權，一直到發明申請案核准之前的期間，無任何專利權可以主張，屬於權利空窗期。既無法以新型專利主張權利，又無法以發明申請案向他人主張，造成申請人可能面臨被他人主張損害賠償的風險。
（三）撤銷專利
當同一人同日提出發明與新型申請案，首先，新型專利申請案被准予專利，之後當發明申請案進入實審時，發現已有相同發明的新型專利被核准。官方會依據同法第 31 條第 2 項，要求申請人選擇其中一案件作為最終選擇，未被選擇的申請案或是專利將會被撤銷。若選擇的是發明申請案，則新型專利將會被撤銷。
惟智慧局並無職權逕行新型專利的撤銷，而是依據同法第 107 條規定，必須經過他人舉發，方能撤銷。所以，當申請人選擇發明申請案時，智慧局亦無法對新型專利逕為職權撤銷，新型專利權仍是存在。日後，所選擇的發明專利申請案，將會被以違反專利法第 31 條的規定駁回申請。那此時的選擇行為的規範豈不是多餘的。
新型專利自實質審查轉為形式審查後，固然獲得專利權的時間縮短，但也產生非預料中的狀況。誠如前述，若是堅持亦一個發明一個專利者，對於新型專利的規定就必須重新規劃。
若承認一個發明可以有多個專利者，專利權的主張就必須有法制的限縮機制，避免過於擴張專利權。姑且不論是採何者，目前的專利法對於題目所述狀況，仍是存在著實務執行上的盲點，必須再加以修法，以明確權利。 |
