条例中所指的「知识产权权利人」，系指《中华人民共和国商标法》、《中华人民共和国专利法》和《中华人民共和国著作权法》中规定的商标注册人、专利权人、著作权人和与著作权有关的权利人。

使用知识产权的被许可人等的利害关系人并不列在保护之列，不能以自己的名义，向中国海关总署申请知识产权备案或者向海关申请采取保护措施。但是，被许可人等利害关系人，可以接受商标注册人、专利权人、著作权人和与著作权有关的权利人的委托，以其代理人的身份提出申请。

根据中国海关总署令第114号（中华人民共和国海关关于《中华人民共和国知识产权海关保护条例》的实施办法）第二条的规定，境内的知识产权权利人向海关总署办理知识产权海关保护备案或者要求口岸海关采取知识产权保护措施，可以直接提出申请或者委托代理人提出申请；境外的知识产权权利人，除非在境内设有办事机构，则必须在境内委托代理人提出申请。此时台湾地区归属于中国境外，因此必须委托中国境内委托代理人提出申请。

(一) 依申请扣留。
指知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口后，向海关提出申请，海关根据知识产权权利人的申请，扣留侵权嫌疑货物。而依申请扣留方式有下述特征：

在依职权扣留模式下，海关有权主动采取制止侵权货物进出口的措施。

(一) 依申请扣留：
知识产权权利人请求海关扣留侵权嫌疑货物的，应当提交申请书及相关证明文件，并提供足以证明侵权事实明显存在的证据。申请书应当包括下列主要内容（第13条）：

当申请人依据本法提出申请并缴付规定的担保今后，海关即会扣押侵权嫌疑货物，书面通知知识产权权利人，并将扣留凭单送达收货人或是发货人。但若未为遵守第13或第14条的规定者，海关应驳回申请，并书面通知知识产权权利人。（第15条）

(二) 依职权扣留：
申请备案的，应当提交申请书。申请书应当包括下列内容（第7条）：

海关自收到申请之日起，应于30个工作日内做出准予备案与否的决定，若不准予备案者，应说明理由（第8条）。备案的有效期限自准予备案之日起为期10年，为维持备案的有效性，应于备案有效其届满期的6个月内，提出展延备案，每次可以展延的时间为10年（第10条第1、2项）。但应注意，若权利情况发生变化者，应于变化之日起30个工作日内提出备案变更或是注销（第11条）。另日后权利不再受到法律、行政法规保护者，此时备案随即失效（第10条第3项）。

司法配合程序阶段，则需注意以下三点：

(一) 保全措施
知识产权权利人在向海关提出采取保护措施的申请后，可以依照《中华人民共和国商标法》、《中华人民共和国著作权法》或者《中华人民共和国专利法》的规定，在起诉前，就被扣留的侵权嫌疑货物，向人民法院申请采取责令停止侵权行为或者财产保全的措施。海关收到人民法院有关责令停止侵权行为或者财产保全的协助执行通知的，应当予以协助。（第23条）

(二) 损害赔偿
海关接受知识产权保护备案和采取知识产权保护措施的申请后，因知识产权权利人未提供确切情况，而未能发现侵权货物、未能及时采取保护措施或者采取保护措施不力者，由知识产权权利人自行承担责任。知识产权权利人请求海关扣留侵权嫌疑货物后，海关不能认定被扣留的侵权嫌疑货物，侵犯知识产权权利人的知识产权，或者人民法院判定不侵犯知识产权权利人的知识产权者，知识产权权利人应当依法承担赔偿责任。（第29条）

(三) 追究刑事责任
进口或者出口侵犯知识产权货物，构成犯罪的，依法追究刑事责任。（第30条）

中国大陆自加入WTO后所公布的海关保护措施条例与实施办法，已经将中国推向世界潮流中。而且中国广大的市场是各国觊觎的目标，如何保护自己的知识产权更是课不容缓的工作。海关的保护措施是前锋手段，希能达到如美国ITC般，成为保护知识产权的强大利器。